Lo anterior ocurrió una vez consumada la Independencia de México, cuando los habitantes del territorio del actual estado de Chiapas, incluido el partido del Soconusco, enfrentaron un dilema: Formar parte de Guatemala, anexarse a México o permanecer como una colonia del Imperio Español.
En ese entonces, a finales de la época colonial; Chiapas entró en una crisis política y económica; provocada por el cambio en la administración de las provincias; el sistema de alcaldías mayores fue sustituida por el de intendencias (por primera ocasión el Soconusco paso a formar parte de Chiapas) y generó inconformidad entre las élites gobernantes de aquel tiempo, pues el control que ejercían sobre la fuerza de trabajo de los indios disminuyó.
Al mismo tiempo, comenzó a expresarse una inconformidad contra las autoridades de la Capitanía General de Guatemala, por el abandono en que mantenía a Chiapas.
En efecto, Chiapas padeció, como consecuencia de la implantación del sistema colonial, un doble aislamiento: el de la capital de la Nueva España y de Guatemala; y el interno, motivado por las pocas comunicaciones entre aldeas, un tanto provocado por la situación geográfica, pero también por lo poco atractiva que resultaba la economía chiapaneca para los españoles.
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Por lo anterior, nació la idea de independizar a la provincia, tanto de Guatemala como de España; fueron los frailes Ignacio Barnoya y Matías de Córdova quienes promovieron el “Plan de Chiapas Libre”, en el que se ratificaban las tres garantías del Plan de Iguala y declaraba libre e independiente a esa región para decidir lo que le conviniera, así después de una reunión llevada a cabo por los vecinos de la Comitán, el 28 de agosto de 1821, Chiapas se declaró su independencia del Imperio Español.
Sin embargo, después de la caída y disolución del Imperio de Agustín de Iturbide, esa región volvió a estar en la disyuntiva en torno a la decisión de incorporarse a México o bien a Guatemala, ya que se cometían graves abusos contra la población y el abandono continuaba; por lo que para los chiapanecos existía la expresa convicción de pertenecer a una nación dentro de la cual Chiapas tuviera mejores oportunidades de vida.
El 23 de enero de 1824, el ayuntamiento de Ciudad Real solicitó su unión a México, la que fue seguida de inmediato por el ayuntamiento de Comitán; en tanto que el ayuntamiento de Tuxtla sostenía que era mejor unirse a Guatemala. Por esta indefinición el Acta Constitutiva de la Federación Mexicana de 31 de enero de 1824, no menciona a Chiapas como integrante de la naciente federación mexicana.
El conflicto se resolvió pacífica y democráticamente, por medio de un inusitado ejercicio de democracia directa, en el que los chiapanecos, mediante plebiscito realizado el 12 de septiembre de ese mismo año, se manifestaron a favor de su incorporación a México, por lo que el 14 de septiembre de 1824 los habitantes de Chiapas (sin lo que entonces se consideraba el partido del Soconusco) formalizaron ante el Congreso Mexicano su voluntad de ser uno más de los estados de la Federación mexicana, el cual aprobó dicha incorporación el 2 de octubre de 1824.
Por su parte, la región del Soconusco terminó de formalizar su incorporación al territorio del actual estado de Chiapas, y por tanto a la nación Mexicana, hasta el 11 de septiembre de 1842.